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耐藥菌株的感染，是指感染的病原微生物，對于常用的應該比較敏感的一些抗菌藥物出現了耐藥，比如肺炎鏈球菌的感染。正常情況下，對于青霉素應該敏感，但出現了對青霉素的耐藥，這種情況下就可以稱為肺炎鏈球菌是一個耐藥菌。另外對于金黃色葡萄球菌的感染，正常情況下應該對甲氧西林出現敏感，但出現了甲氧西林的耐藥，這種情況下就可以稱為耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，臨床也常稱為MRSA。是革蘭陽性球菌里，比較典型的一個耐藥菌。另外革蘭陽性菌當中，比如屎腸球菌，正常情況下對于萬古霉素應該敏感。但出現了萬古霉素的耐藥，就可以稱為耐萬古霉素的屎腸球菌。革蘭氏陰性菌中，大多數的革蘭氏陰性菌，對于三代頭孢應該敏感。但是有些三代頭孢，比如大腸桿菌、肺炎克雷伯桿菌、陰溝腸桿菌，出現了超廣譜的β-內酰胺酶。這樣對于包括三代頭孢和四代頭孢在內的，大多數的β-內酰胺類的抗菌藥物，都出現了耐藥。僅針對碳青霉烯類的，或者是阿米卡星敏感，這就屬于耐藥菌感染。還有一些超級耐藥細菌感染，比如耐碳青霉烯的肺炎克雷伯桿菌的感染，以及嗜麥芽窄食單胞菌感染。還有鮑曼不動桿菌的感染，這些細菌都屬于多重耐藥菌感染。